Die Erfindung betrifft eine Vorrichtung (1) zum Sterilisieren von Behältnissen (10) mit einem beweglichen Träger (2), an dem eine Vielzahl von Sterilisationseinrichtungen (4) angeordnet ist, wobei diese Sterilisationseinrichtungen jeweils eine Ladungsträgerquelle (6) aufweisen, sowie einen stangenartigen Körper (12) der derart ausgestaltet ist, dass er durch eine Mündung (10a) in einen Innenraum der Behältnisse (10) einführbar ist, mit einem an dem stangenartigen Körper (12) vorgesehenen Austrittsfenster, durch welches die Ladungsträger austreten können, mit einer Vielzahl von Halteeinrichtungen (14) zum Halten der Behältnisse, wobei die Halteeinrichtungen (14) bezüglich der stangenartigen Körper (12) in einer Längsrichtung (L) der stangenartigen Körper (12) bewegbar sind. Erfindungsgemäß weist die Vorrichtung (1) eine Schutzeinrichtung auf, welche bewirkt, dass die stangenartigen Körper (12) in einem vorgegebenen Modus der Vorrichtung wenigstens teilweise innerhalb von Schutzkörpern angeordnet sind.The device has a movable carrier (2) on which several sterilization units (4) is arranged. A sterilizing unit comprises radiation source and charged particle source (42), and rod-like portion (12). The rod-like portion is inserted through an orifice (10a) into interior of containers (10). A holding unit (14) provided for holding the containers is moved relative to rod-like portion in longitudinal direction (L). A protection unit (20) causes the rod-like portion to be partially positioned within the protection elements (18) in a predetermined mode. An independent claim is included for method for sterilizing container.