The present invention relates to an electronic payment system using fingerprint and finger vein recognition and a method thereof. The electronic payment system of the present invention uses fingerprint and finger vein recognition, processes authentication of a payment means for replacing a credit card and processes a payment to be made. To achieve this purpose, the electronic payment system of the present invention uses a fingerprint and finger vein payment application and a fingerprint and finger vein recognizer at a customer client, registers the fingerprint and finger vein information of a customer on a fingerprint and finger vein payment service server, and, when a transaction occurs, lets a payment made by using the fingerprint and finger vein recognizer of a member store client and processing authentication of the fingerprint and finger vein information of the customer. According to the present invention, the system of the present invention is able to process user authentication, which is required for electronic payment, by using fingerprint and finger vein information of a customer, and to provide security and convenience of a payment means for replacing a credit card. The electronic payment system of the present invention comprises: a communication network; a customer client; a member store client; and a payment service server.본 발명은 지문 및 지정맥 인식을 이용한 전자 결제 시스템 및 그 방법에 관한 것이다. 본 발명의 전자 결제 시스템은 지문 및 지정맥 인식을 이용하여 신용 카드 대체용 결제수단을 인증 처리하여 결제가 이루어지도록 처리한다. 이를 위해 전자 결제 시스템은 고객 클라이언트에서 지문 및 지정맥 결제 앱과 지문 및 지정맥 인식기를 이용하여 고객 자신의 지문 및 지정맥 정보를 지문 및 지정맥 결제 서비스 서버로 등록하고, 상거래가 발생되면, 가맹점클라이언트의 지문 및 지정맥 인식기를 이용하여 고객의 지문 및 지정맥 정보를 인증 처리하여 결제가 이루어지도록 한다. 본 발명에 의하면, 고객의 지문 및 지정맥 정보를 이용하여 전자 결제에 필요한 사용자 인증을 처리함으로써, 신용 카드 대체용의 결제 수단의 보안성과 편의성을 제공할 수 있다.