本发明提供了一种与黄瓜果刺基座大小基因紧密连锁的InDel分子标记,命名为InDel‑SBS1分子标记,位于5号染色体20290735~20294659碱基位置,缺失核苷酸序列为4895 bp,缺失序列如SEQ ID NO.7所示。通过KASP技术,所述InDel‑SBS1分子标记可采用四条特异性引物检测得到。利用本发明的InDel‑SBS1分子标记,可以获得黄瓜果刺基座大小性状的相关基因SBS,能在黄瓜植株生长的任意阶段检测育种群体是否含有这一基因,建立快速、高效、简便的分子标记育种体系,节约大量的时间和成本,对改善黄瓜果实的外在品质具有重要的意义。