The present application provides a step of preparing a vegetable oil; the step of mixing the vegetable oil and fat, the first fatty acid ethyl ester and the lipase in a reactor to perform a transesterification reaction; and removing triglyceride and diglyceride present in the reactor. And rectifying and separating the second fatty acid ethyl ester from the reactor.本出願は、植物性油脂を準備する段階;前記植物性油脂、第1脂肪酸エチルエステル及びリパーゼを反応器内で混合してエステル交換反応する段階;前記反応器内に存在するトリグリセリド及びジグリセリドを除去する段階;及び前記反応器から第2脂肪酸エチルエステルを整流して分離する段階を含む、脂肪酸エチルエステルを製造する方法に関する。