Methods, apparatus, and systems for controlling a remote surgical system are disclosed. According to one method, a first tool connected to the first controller of the system and a second tool connected to the second controller of the system are controlled. An exchange of a tool is then detected such that the first tool is connected to the second manipulator and the second tool is connected to the first manipulator. The first tool connected to the second controller and the second tool connected to the first controller are then controlled.원격수술 시스템을 제어하는 방법, 장치, 및 시스템이 개시된다. 한 방법에 따라, 시스템의 제1 조종기에 연결된 제1 도구 및 시스템의 제2 조종기에 연결된 제2 도구가 제어된다. 그 다음, 제1 도구가 제2 조종기에 연결되고 제2 도구가 제1 조종기에 연결되도록 하는 도구의 교환이 탐지된다. 그 다음, 제2 조종기에 연결된 제1 도구 및 제1 조종기에 연결된 제2 도구가 제어된다.