The present invention relates to a method for preparing a nanocomposite using calcium ion and hydrophilic bisphosphonate, and a drug delivery system using the nanocomposite, and more particularly, to a method for preparing a nanocomposite using a calcium ion (Ca 2+ ) aqueous solution; And a hydrophilic bisphosphonate aqueous solution to prepare nanoparticles; And coating the prepared nanoparticles with branched polyethyleneimine (bPEI) or protamine sulfate (PS), and a nanocomposite prepared by the method. The present invention also provides a composition for treating osteoporosis, an anticancer composition or a drug delivery composition comprising the nanocomposite as an active ingredient.본 발명은 칼슘 이온 및 친수성 비스포스포네이트(bisphosphonate)를 이용한 나노복합체의 제조방법 및 상기 나노복합체를 이용한 약물전달체에 관한 것으로서, 상세하게는 칼슘이온(Ca2+) 수용액; 및 친수성 비스포스포네이트(bisphosphonate) 수용액을 교반하여 나노입자를 제조하는 단계; 및 상기 제조된 나노입자를 가지형 폴리에틸렌이민(branched polyethyleneimine; bPEI) 또는 프로타민 설페이트(protamine sulfate; PS)로 코팅하는 단계를 포함하는 나노복합체 제조방법 및 상기 방법에 의해 제조된 나노복합체에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 상기 나노복합체를 유효성분으로 포함하는 골다공증 치료용 조성물, 항암용 조성물 또는 약물전달용 조성물을 제공한다.