本发明属于基因序列及其获取方法领域,具体涉及与西瓜果实苦味基因(bitterness,Bt)连锁SNP位点及CAPS标记的获得方法。所述的西瓜果实苦味连锁的SNP位点及CAPS标记,具有序列表中的SEQ ID NO:1~2的核苷酸碱基序列。本发明通过筛选RILs群体中的苦味单株;结合西瓜高密度遗传图谱信息,将西瓜果实苦味基因进行初步定位;将与性状连锁的候选SNP位点结合分离群体验证分析及自然群体验证分析,获取与目的性状紧密连锁的标记,可应用于西瓜品种改良分子辅助育种,为西瓜品质分子育种提供技术支持,同时大大缩短了传统基因定位的时间。