Provided are methods for preventing or treating a microorganism that expresses a VIP gene, a composition, a kit for use in preventing or treating a disease that causes damage to the gastrointestinal tract containing the microorganism, and a disease that causes damage to the gastrointestinal tract.VIP 유전자를 발현하는 미생물, 그 미생물을 포함하는 위장관의 손상을 야기하는 질환을 예방 또는 치료하는데 사용하기 위한 조성물, 키트, 및 위장관의 손상을 야기하는 질환을 예방 또는 치료하는 방법을 제공한다.