A method of medical image processing for images of body structures, comprising: receiving anatomical data to reconstruct an anatomical image of a region of a body of a patient, said region comprises a portion of at least one internal body part which borders or is spaced apart from a target tissue receiving functional data from a functional imaging modality which images at least said portion of the region of the body of the patient processing said anatomical image to generate at least one image mask corresponding to the zone outside of the wall of said at least one internal body part correlating the at least one generated image mask with the functional data for guiding a reconstruction of a functional image depicting said target tissue and providing the reconstructed functional image.Linvention concerne un procédé de traitement dimage médicale pour des images de structures corporelles, consistant à : recevoir des données anatomiques pour reconstruire une image anatomique dune région dun corps dun patient, ladite région comprenant une partie dau moins une partie corporelle interne qui borde ou est espacée dun tissu cible recevoir des données fonctionnelles à partir dune modalité dimagerie fonctionnelle qui image au moins ladite partie de la région du corps du patient traiter ladite image anatomique pour générer au moins un masque dimage correspondant à la zone à lextérieur de la paroi de ladite ou desdites parties corporelles internes mettre en corrélation le ou les masques dimage générés avec les données fonctionnelles pour guider une reconstruction dune image fonctionnelle représentant ledit tissu cible et fournir limage fonctionnelle reconstruite.