Specifically, methods for patient stratification and selection of personalized peptide based treatments and vaccines are disclosed, including assays for identifying antigenic and immunogenic peptides involved in immune responses of mammals against pathogens, cancer and other diseases by interrogating the T lymphocyte repertoire of a patient using combinatorial T-cell epitope and mimotope libraries.Plus spécifiquement, l'invention concerne des procédés de stratification de patients et de sélection de traitements et de vaccins à base de peptides personnalisés, comprenant des tests permettant d'identifier des peptides antigéniques et immunogènes impliqués dans des réponses immunitaires de mammifères contre des pathogènes, le cancer et d'autres maladies par interrogation du répertoire des lymphocytes T d'un patient en utilisant des banques d'épitopes et de mimotopes de lymphocytes T combinatoires.