The present invention relates to a pharmaceutical composition for treating a disease comprising a endoplasmic reticulum derived from a stool bacterial total composition, wherein the endoplasmic reticulum according to one aspect not only has anti-inflammatory activity, but also normalizes the composition and distribution of intestinal microorganisms to prevent or treat inflammatory or gastrointestinal diseases. There is an effect that can be useful for.대변세균총이식 조성물 유래 소포체를 포함하는 질병 치료를 위한 약학적 조성물에 관한 것으로, 일 양상에 따른 소포체는 항염증 활성 뿐만 아니라, 장내 미생물의 조성 및 분포를 정상화시켜 염증성 질환 또는 위장관 질환의 예방 또는 치료에 유용하게 사용될 수 있는 효과가 있다 .