本发明属于分子生物学领域,公开了一段分离的核苷酸序列在肌间刺减少的斑马鱼构建中的应用,所述的核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示,利用本领域的常规方法,以SEQ ID NO.1为靶基因进行基因突变操作,筛选出发生突变的F0,对F0与野生型杂交产生的F1进行基因分型,筛选出突变体F1并自交,即可获得肌间刺数目显著减少70%以上且稳定遗传的斑马鱼少肌间刺品系。本发明利用一段分离的核苷酸序列首次获得了肌间刺减少的鱼类品系,且具有性状改良效果显著、育种时间短、遗传稳定、成本低等优点,具有科学研究的基础价值和应用价值,不仅能用于鱼类肌间刺发育机制研究,而且为获得多种鱼类少肌间刺的稳定遗传品系提供了方法。