Described herein is a massively parallel sequencing method for virus-derived therapeutics such as viral vaccines including PVS-RIPO vaccines. The method allows determination of microheterogeneity and quantification of low frequency sequence variants, and in the case of PVS-RIPO, is currently used to screen lots of therapeutic agents derived from RNA viruses. It is anticipated that it will replace the monkey neurotoxicity safety test (MNVT) and the PCR and restriction analysis by mutation analysis (MAPREC) method.本明細書では、ＰＶＳ－ＲＩＰＯワクチンを含むウイルスワクチンなどのウイルス由来の治療剤のための大規模並列シーケンシング法が記載される。方法は、微小不均一性の決定および低頻度の配列改変体の定量化を可能とし、ＰＶＳ－ＲＩＰＯの場合には、ＲＮＡウイルス由来の治療剤のロットをスクリーニングするのに現在使用されている、サル神経毒力安全性試験（ＭＮＶＴ）およびＰＣＲおよび制限酵素切断による変異体解析（ＭＡＰＲＥＣ）法に置きかわることが予測される。
