本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明涉及一种高温酸性木聚糖酶XYN10J88及其基因和应用。本发明提供了一种来源于瓶霉属Phialophora sp.J88CGMCC No.3873的木聚糖酶XYN10J88,其氨基酸序列如SEQ ID No.1或2所示,且本发明提供了编码上述木聚糖酶的编码基因xyn10J88。本发明的木聚糖酶的具有以下性质:最适pH4.0,最适温度70℃,比活为350.6U/mg;良好的蛋白酶抗性,有效的降解小麦阿拉伯木聚糖以及易于工业化发酵生产。做为一种新型的酶制剂,可广泛用于饲料,酿酒、食品、能源工业等。