本发明公开了一种番茄根特异性表达启动子pSlROOT1及其应用。所述启动子pSlROOT1为以下核苷酸序列之一:1)序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列;2)与序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列有90%以上同源性且具有调控目的基因在植物根中特异性表达功能的核苷酸序列;3)在高严谨条件下可与序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列杂交的核苷酸序列。该启动子能够驱动目的基因在植物根中特异性表达,为通过基因工程手段提高外源基因在作物特定组织的表达和积累水平,应用转基因方法获得抗病或抗逆作物新品种奠定了理论基础。