本发明公开了一种花特异性启动子及其应用。本发明所提供的启动子为如下任一:a)SEQ ID No.4所示的DNA分子;b)与a)限定的核苷酸序列具有99%以上、95%以上、90%以上、85%以上或者80%以上同源性,且具有启动子功能的DNA分子;c)在严格条件下与a)或b)限定的核苷酸序列杂交,且具有启动子功能的DNA分子。本发明通过正反两项融合两个MdAG基因的第二内含子与最小35S启动子建立四个载体,通过实验证明SEQ ID No.4所示的rMdAG2I启动子在烟草和苹果属中的花特异性。本发明的结果表明rMdAG2I启动子在苹果属植物花性状的遗传改良中拥有巨大前景。