Disclosed are a method and apparatus for matching medical images. A medical image registration method according to an embodiment includes the steps of acquiring and displaying first image data and second image data to be matched, and in multiple directions with respect to two image data in order to match the displayed two image data. Including the step of selecting and inputting the feature points that are the criteria for matching, and automatically switching and displaying the directions of the two image data without user manipulation for inputting the next feature point when the feature point input of the two image data is completed in a predetermined direction. do.의료영상 정합 방법 및 그 장치가 개시된다. 일 실시 예에 따른 의료영상 정합 방법은, 정합 대상이 되는 제1 영상 데이터 및 제2 영상 데이터를 획득하여 표시하는 단계와, 표시되는 두 영상 데이터를 정합하기 위해 두 영상 데이터에 대하여 다수의 방향에서 각각 정합의 기준이 되는 특징점을 선택 입력받는 단계와, 소정의 방향에서 두 영상 데이터의 특징점 입력이 완료되면 다음 특징점 입력을 위한 사용자 조작 없이 두 영상 데이터의 방향을 자동으로 전환하여 표시하는 단계를 포함한다.