本发明公开了一种检测大豆过敏蛋白Gly m Bd 28K的方法及其专用引物,所述专用引物是由SEQIDNO.5与SEQIDNO.6所示的核苷酸序列组成的引物对。使用所述引物对对待测大豆基因组DNA模板进行PCR扩增,扩增产物中只含有277bp条带,为含有GlymBd28K的纯合体品种,同时含有277bp和251bp条带,为含有GlymBd28K的杂合体品种,只含有251bp条带,为缺失GlymBd28K的纯合体品种。本发明的专用引物和检测方法为GlymBd28K过敏蛋白缺失大豆资源的筛选及新品种选育奠定了基础,能够在大豆育种、选种及GlymBd28K缺失机理的研究中发挥重要作用。