PURPOSE: A composition containing naphthoquinone compounds for controlling harmful algae is provided to selectively suppress growth of the harmful algae causing green tide or red tide. CONSTITUTION: A composition for controlling harmful algae contains a naphthoquinone compound of chemical formula 1 or a salt thereof as an active ingredient. The composition suppresses photosynthesis by acting at Q-site of a photosynthesis system. Cyanophyceae algae are Microcystis, Anabaena, Aphanizomenon, Oscillatoria, or Woronichinia genus algae. Bacillariophyceae algae are Stephanodiscus, Cyclotella, or Aulacoseira genus algae. The harmful algae are controlled by treating the composition to regions in which harmful algae inhabit or are observed.본 발명은 특정 나프토퀴논(Naphthoquinone) 화합물의 유해조류 제어 용도에 관한 것으로, 특정 나프토퀴논(Naphthoquinone) 화합물 또는 그의 염을 유효성분으로 함유하는 유해조류 제어용 조성물 및 이를 이용한 유해 조류의 제어(방제)방법에 관한 것으로, 본 발명의 혼합조성물은 녹조, 적조 등의 유해 조류에 대해 선택적인 생육억제효과를 나타내므로, 본 발명은 환경 친화적이면서 효능이 우수한 유해 조류 방제제로서 유용하게 활용될 수 있다.