本发明专利属于水产动物分子标记辅助育种领域,具体涉及一种与斑点叉尾鮰快速生长相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法和应用。所述的SNP分子标记从斑点叉尾鮰PRL基因克隆得到,该分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。本发明还公布了上述分子标记在斑点叉尾鮰生长性状分子检测中的应用。筛选基因型分别为AA、CC、TT、CC、AA的个体,即单倍型组合为H3/H3(ACTCA/ACTCA)的个体作为选育亲本。本发明的方法,操作简单、检测速度快,大大降低了斑点叉尾鮰亲本筛选的盲目性,可以快速获得生长速度快且遗传稳定的斑点叉尾鮰亲本。