本发明公开了一种洋葱细胞质雄性不育SCAR标记,其中所述SCAR标记的特异片段长为339bp,其核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明还公开了所述SCAR标记引物:正向引物:Zt339-u:5’-GTTCTCAAGCAGATTCCGCAC-3’;反向引物:Zt339-d:5’-AGGACCAAACCGAGAGTGAGC-3’。利用得到的SCAR标记可实现对洋葱细胞质育性进行快速、而又准确的选择,加快洋葱细胞质雄性不育新品系的选育,建立新型的洋葱杂交种亲本选配体系;选育有自主知识产权的杂交一代品种,解决我国目前生产上以常规种为主和花费大量外汇购买国外杂交种的难题。