本发明属生物技术领域,涉及棉花细胞质雄性不育恢复系InDel标记,其为长度102bp、核苷酸序列如SEQ ID No.1所示的特异插入片段,本发明还提供以所述InDel标记进行分子鉴定的方法,其步骤为:利用特异性引物对进行PCR反应,扩增待测棉花材料的DNA,根据扩增结果判断进行判断,标准如下:扩增出267bp单一条带的棉花材料不含恢复基因位点;扩增出369bp单一条带的棉花材料的恢复基因位点纯合;同时扩增出267bp和369bp两个条带的棉花材料的恢复基因位点杂合。本发明的方法采用InDel标记对棉花细胞质雄性不育恢复系材料进行了分子水平多态性检测,鉴定的结果条带清晰、稳定、可靠、易于检测,适用于棉花细胞质雄性不育恢复系材料纯度室内鉴定和分子标记辅助选育改良。