Compositions comprising bioactive molecules derived from mammalian microflora are provided herein. The composition is useful for the prevention and treatment of diseases, particularly inflammatory, autoimmune and infectious diseases, when administered orally with a colon delivery system. The composition comprises a combination of a small molecule and a bacterial antigen formulated in a colon delivery system. Use of the composition results in: induction of immune tolerance; enhancement of intestinal mucosal barrier integrity; reduction of inflammation; and / or alleviation of disease states caused by inflammation, autoimmune reactions or infectious agents It is. [Selection] Figure 4-1哺乳動物の微生物叢由来生物活性分子から成る組成物が、本明細書中で提供される。該組成物は、結腸送達システムを伴って経口投与される場合、疾患、特に炎症性疾患、自己免疫疾患及び感染性疾患の予防及び治療に有用である。該組成物は、結腸送達システムで製剤化された小分子及び細菌性抗原の組み合わせを含む。該組成物の使用により:免疫寛容の誘導;腸管粘膜バリアの完全性の強化;炎症の低減;及び炎症、自己免疫反応又は感染性因子によって惹起された疾患状態の緩和のいずれか或いはすべてがもたらされる。【選択図】図4-1