PURPOSE: A composition containing niphimycin as an active ingredient for preventing pathogenic fungi in plants is provided to be used as an eco-friendly biocidal composition with high biodegradation and to prevent anthracnose in Capsicum annuum, thereby being used in industries for preventing plant diseases. CONSTITUTION: A composition for preventing pathogenic fungi in plants contains niphimycin as an active ingredient and prevents Colletotrichum coccodes. Streptomyces hygroscopicus subsp. enhygrus (deposit number KACC91654P) has an antibacterial activity against pathogenic fungi in plants. A method for preparing antibiotics with an antibacterial activity against pathogenic fungi in plants comprises the steps of: extracting a bacterial body or spores of Streptomyces hygroscopicus subsp. enhygrus, (deposit number KACC91654P), a mixture thereof, or a culture of the strain using butanol; and isolating and purifying niphimycin (chemical formula 1) from the butanol extract.본 발명은 식물병원성 진균인 고추 탄저병균 등에 대해 항균효과를 가지는 항생물질인 니피마이신을 생성, 분비하는 스트렙토마이세스 하이그로스코피쿠스 subsp. 인하이그루스 균주 KP6107 (Streptomyces hygroscopicus subsp. enhygrus strainKP6107) 및 이 균주로부터 생산되는 항생물질의 제조 방법에 관한 것이다. 상기한 본 발명에 의하면 자연환경에서의 미생물에 의한 생분해성이 큰 환경친화적 살균제 조성물을 제공하는 효과가 있고, 피해 효과가 크고 방제하기 힘든 병원균인 콜레토트리쿰 코코데스가 일으키는 고추 탄저병 등에 대한 방제 효과가 있어 식물병 방제산업상 유용하게 이용될 수 있다.