Some aspects of the disclosure provide strategies, methods, and reagents for determining the nuclease target site preference and specificity of a site-specific endonuclease. Some methods provided herein are designed to identify library members that have been cleaved by the nuclease of interest through sequencing the same intact target region adjacent to the intact target region so that the candidate nuclease target site and constant Utilize a new "1-cut" strategy to screen libraries of cone-chambers containing repeating units of the insertion region. Some aspects of the disclosure provide strategies, methods, and reagents for screening for site-specific endonuclease based on determining target site site preference and specificity of site-specific endonuclease. Methods and reagents for determining target site preference and specificity are also provided.본 개시내용의 일부 측면은 부위-특이적 엔도뉴클레아제의 뉴클레아제 표적 부위 선호도와 특이성을 결정하기 위한 전략, 방법 및 시약을 제공한다. 본원에 제공된 일부 방법은 커팅된 표적 부위와 동일하고 이에 인접한 무손상 표적 부위를 서열 분석하는 것을 통하여 관심 뉴클레아제에 의해 커팅될 수 있었던 라이브러리 구성원을 확인하기 위하여, 후보 뉴클레아제 표적 부위와 불변 삽입 영역의 반복 단위를 포함하는 콘카테머의 라이브러리를 스크리닝하기 위한 신규 "1-커트" 전략을 활용한다. 본 개시내용의 일부 측면은 부위-특이적 엔도뉴클레아제의 표적 부위 선호도와 특이성을 결정하는 것에 근거하여 상기 부위-특이적 엔도뉴클레아제를 선별하기 위한 전략, 방법 및 시약을 제공한다. 표적 부위 선호도와 특이성을 결정하기 위한 방법 및 시약이 또한 제공된다.
