The present invention relates to a method for preparing a TF1-ATPase recombinant protein (mTF1-ATPase) having rotational characteristics and, more specifically, to a method for preparing mTF1-ATPase, which can bind drugs to a corresponding part by substituting a 193^th amino acid of an α subunit of a TF1-ATPase protein with serine and substituting a 107^th amino acid of a γ subunit with cysteine for only one cysteine to exist only on the γ subunit, can easily purify the protein by adding a histidine tag to a β subunit, and can bind mTF1-ATPase to a substrate such as a bio chip, and to a drug carrier including the mTF1-ATPase.본 발명은 회전 운동 특성을 가지는 TF1-ATPase 재조합 단백질(mTF1-ATPase)의 제조방법 등에 관한 것으로, 보다 상세하게는 TF1-ATPase 단백질 α 서브유닛의 193번째 아미노산을 세린으로 치환하고, γ 서브유닛의 107번째 아미노산을 시스테인으로 치환하여 시스테인을 γ 서브유닛에만 단 하나 존재하도록 함으로써 해당 부위에 약물 등을 결합시킬 수 있도록 하고, β 서브유닛에 히스티딘 태그를 추가함으로써 단백질 정제가 용이하고 바이오칩 등의 기판에 mTF1-ATPase를 부착할 수 있도록 한 mTF1-ATPase의 제조방법 및 mTF1-ATPase를 포함하는 약물 전달체에 관한 것이다.