The present invention relates to a high pressure steam sterilizer operating system for a cage structure. More specifically, a high pressure steam sterilizer is installed in a plurality of breeding structures rather than fixedly operating the high pressure steam sterilizer, thereby sterilizing a sterilization box carrying accessory. Thereafter, the front of an entrance of the breeding structure is disinfected, and the entrance is opened with the sterilization box connected. Therefore, it is possible to operate the high-pressure steam sterilizer in one operation, so that economical efficiency is excellent because the entrance and exit items inside the sterilization box are safely operated into a breeding room inside the breeding structure. As a matter of course, it is easy to be repaired and maintained due to an occurrence of faults, and it is possible to utilize an entrance space of the breeding structure widely, thus providing excellent space utilization.본 발명은 사육 구조물의 고압 스팀 멸균기 운영 시스템에 관한 것으로서, 좀더 상세하게는 다수의 사육 구조물에 고압 스팀 멸균기를 고정식으로 운영하는 것이 아니라 하나의 고압 스팀 멸균기를 마련하여 출입 물품이 실리는 멸균 박스를 멸균 처리한 후 사육 구조물의 출입구 전방을 소독 처리하고 상기 멸균 박스를 연결 설치한 상태에서 출입구를 개방하여 멸균 박스 내부의 출입 물품을 사육 구조물 내부의 사육실로 안전하게 출입하도록 운영하므로 고가의 고압 스팀 멸균기를 하나로 운영할 수 있어 경제성이 우수함은 물론 고장 발생에 따른 수리 정비가 용이하고, 사육 구조물의 출입구 공간을 넓게 활용할 수 있어 공간 활용성을 우수하게 제공하도록 하는데 그 특징이 있다.