本发明公开了高产孢量紫色紫孢菌基因工程菌ΔPlflbD及其构建方法与应用,属生物农药技术领域。本发明基因工程菌ΔPlflbD为敲除紫色紫孢菌的PlflbD基因;基因工程菌的保藏编号为CCTCC M 2019347,PlflbD基因的序列如SEQ ID NO.1所示,PlflbD氨基酸的序列如SEQ ID NO.2所示。本发明构建PlflbD基因敲除载体;将供体质粒、受体、PflbD基因5’端同源重组片段和3’端同源重组片段进行Gateway BP反应得到PlflbD基因敲除载体;将PlflbD基因敲除载体转入农杆菌中;再将农杆菌转化紫色紫孢菌;筛选flbD转化子,并依次采用验证引物对引物flbD验证5/flbD验证3和随机引物对随机插入验证5/随机插入验证3进行验证,即得高产孢量紫色紫孢菌的基因工程菌ΔPlflbD。