本发明提供了一种改变二倍体马铃薯材料自交不亲和性的StSCI蛋白,所述StSCI蛋白的氨基酸序列包含或由如下序列组成:1)SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列;或,2)与SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列具有至少95%序列同一性的功能性同源序列;或3)在SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列中添加、缺失、替换一个或多个(例如1‑10个)氨基酸且具有抑制自交不亲和活性的蛋白质。本发明的优点在于,StSCI蛋白可以抑制多种类型S‑RNase的细胞毒性作用,具有遗传性,从根本上克服了二倍体马铃薯自交不亲和的缺陷,有利于实现二倍体马铃薯高代纯合自交系的培育。