本发明涉及一种影响雄性生育力的蛋白质、其编码基因及用途,影响雄性生育力的蛋白质包括:(a)具有SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;或(b)在(a)中的氨基酸序列经过取代和/或缺失和/或添加一个或几个氨基酸且具有影响雄性生育力的活性的由(a)衍生的蛋白质。本发明影响雄性生育力的蛋白质OsAmylase为首次分离自水稻品种日本晴的α-淀粉酶,并且能够降解花粉粒中的淀粉,造成水稻转基因花粉不育,准确性高,有效阻止转基因作物通过花粉将转基因元件传播给其他野生作物品种;可用于保持雄性不育植株的纯合隐性状态;同时省去了杂交制种过程中去雄的步骤,减小了劳动力的投入和对产量的影响,具有较大的成本效益。