The present invention relates to a liquid transfer system, a liquid transfer controlling method, a liquid transfer controller, and a medicine manufacturing method. The fluid system (1A) comprises: a multi-joint robot (20) for work; a syringe driving apparatus (30) for pushing and pulling a plunger of a syringe (17); and a controller (100). In addition, the controller (100) controls the multi-joint robot (20) in order to alter top and bottom relation of a vial (16) and the syringe (17), and also controls the syringe driving apparatus (30).유체 이송 시스템(1A)은, 작업용의 다관절 로봇(20)과, 시린지(17)의 플런저를 밀고당기기 위한 시린지 구동 장치(30)와, 컨트롤러(100)를 구비한다. 컨트롤러(100)는, 액체를 수용한 바이알(16)을 시린지(17)의 하방에 배치해서 시린지(17)의 바늘을 바이알(16)에 천자한 상태에서, 바이알(16) 및 시린지(17)의 상하 관계를 반전시키도록 다관절 로봇(20)을 제어하는 것과, 바이알(16)이 시린지(17)의 상방에 배치된 상태에서, 플런저를 당겨서 바이알(16) 내의 액체를 시린지(17) 내에 흡인하도록 시린지 구동 장치(30)를 제어하는 것을 실행한다.