本发明提供了一种调控人参细胞中JA‑Ile转运的PgABCG11基因及其编码蛋白与应用,该调控人参细胞中JA‑Ile转运的PgABCG11基因序列如SEQ ID NO.1所示,PgABCG11基因编码蛋白氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明从多个人参ABCG基因中筛选到编码的蛋白质能够转运茉莉酸‑异亮氨酸复合物(JA‑Ile)的PgABCG11基因。筛选得到的PgABCG11基因编码蛋白参与JA‑Ile转运至细胞核,可以显著增加人参细胞内源性JA‑Ile在细胞核中的含量,从而影响人参皂苷生物合成途径中一系列酶的表达,并且最终实现人参皂苷的大量合成与积累,达到提高人参皂苷产量和提升人参品质的目的。该基因及其编码的蛋白是一种高效、特异性和切实可行的提高人参细胞核中JA‑Ile含量的方法,在增加人参皂苷含量方面有着重要应用前景。