本发明公开了一种组蛋白脱乙酰化酶及其编码基因和应用,属于基因工程技术领域。本发明从水稻(Oryza Sativa L.)中克隆得到了组蛋白脱乙酰化酶基因OsHDA704,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示第93位到1964位碱基;编码组蛋白脱乙酰化酶OsHDA704,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。该基因属于水稻组蛋白脱乙酰化酶家族RPD3/HDA1亚家族,其作为正调控因子参与了水稻对高盐和干旱胁迫的应答过程。通过转基因及功能鉴定证实超量表达OsHDA704能提高水稻对高盐和干旱的抗性,OsHDA704基因在培育抗逆植物尤其是水稻新品种方面具有非常重要的理论及应用价值。