本发明公开了一种水稻组蛋白脱乙酰化酶基因HDT701启动子及其应用。该启动子的序列是下列核苷酸序列之一：(a)序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；(b)在严谨条件下能与a)的DNA序列杂交并且具有相同功能的核苷酸序列；(c)与a)或b)的DNA序列具有90％以上的同源性，并且也具有启动子功能的核苷酸序列。本发明从水稻中克隆出HDT701基因的启动子：水稻组蛋白脱乙酰化酶基因HDT701启动子，该启动子能够启动下游基因在水稻中的部分器官中表达，是一个组织特异性启动子，因此可将其应用于转基因工程中，使的目的基因的表达产物在一定的器官或组织部位积累，增加局部表达量，同时也可以避免植物营养的不必要浪费，因此在转基因工程中有良好的应用前景。
