本发明涉及一种鉴定不同产地道地药材锁阳的方法及其试剂盒,所述方法包括:1)以待测样品的基因组DNA为模板,扩增含有SEQ ID NO.1所示序列的片段;2)对扩增产物进行测序,拼接后去除引物区获得完整的扩增片段SEQ ID NO.1,检测SEQ ID NO.1序列中的5’端起第188位、第304或305位的碱基;如果SEQ ID NO.1序列5’端起第188位为T,或第304位为A,或第305位为C,则鉴定为塔城锁阳;如果SEQ ID NO.1序列5’端起第188位为C或第304位为T或第305位为T,则鉴定为其他产地锁阳。本发明方法适应性更广,引物特异性高,扩增效率高,能检测所有能提取出DNA的锁阳任何样品。