A method for determining the three-dimensional position and orientation of a reference reference comprises the steps of: arranging the reference reference so that a portion of the reference reference can be viewed by a tracker and receiving from the tracker the reference reference observable by the tracker Obtaining geometric information that is set with respect to a position point on the reference reference, the geometric information including at least a part of the position data of the position reference relative to the structure of the reference reference Identifying at least three position points having coordinates within the set geometric information within the scan data comparing the scan data of the surgical site with the scanned data of the set And determining the three dimensional position and orientation of the reference reference from the coordinates of the at least three identified position points in the geometric information.基準レファレンスの3次元位置及び方向を決定するための方法は、前記基準レファレンスの一部がトラッカーによって観察できるよう、前記基準レファレンスを配置する段階と、前記トラッカーから、前記トラッカーによって観察できる前記基準レファレンスの一部のスキャンデータを得る段階と、前記基準レファレンス上の位置ポイントに関して設定された幾何学的情報を得る段階であって、前記幾何学的情報は、前記基準レファレンスの構造に対する前記位置ポイントの3次元座標を含む段階と、前記スキャンデータ内で、前記設定された幾何学的情報内の座標を有する少なくとも3つの位置ポイントを識別する段階と、前記手術部位のスキャンデータと、前記設定された幾何学的情報内の前記少なくとも3つの識別された位置ポイントの座標から、前記基準レファレンスの前記3次元位置及び方向を決定する段階とを含む。