本发明涉及生物技术和植物转基因技术领域，具体涉及一种降低植物直链淀粉含量的方法及应用，步骤一：利用多元sgRNA的CRISPR/Cas9系统编辑薯类植物GBSSI基因序列；步骤二：步骤一中所述的CRISPR/Cas9多元系统包括：系统中含有两个及两个以上的sgRNA序列的CRISPR/Cas9系统；步骤三：步骤二中的CRISPR/Cas9多元系统的sgRNA核苷酸序列选自下组；(a)如SEQ ID NO:1核苷酸序列中的核酸序列；(b)将SEQ ID NO:1核苷酸序序列经过一个或多个核苷酸的取代、缺失或添加而形成的，且具有(a)核苷酸功能的由(a)衍生的核酸序列；它可以显著调节薯类植物的储藏根的发育性状，可以显著调节薯类植物的直链淀粉含量，在植物淀粉品质的遗传改良上具有良好的应用前景。
