The invention concerns Lactobacillus reuteri for use in the prevention or treatment of microbiota dysbiosis, in particular, decreased levels of Actinobacteria and increased levels of Proteobacteria, in young mammals and in the prevention or treatment of disorders associated therewith. The microbiota dysbiosis may have been cause by numerous factors including being born by caesarean section, exposure to antibiotics in utero or after birth, or, parenteral feeding, hospitalizing, psychological stress or by gastrointestinal dysfunctions. The disorders that may be treated or prevented by preventing or treating microbiota dysbiosis include propensity to infection, allergy, type I diabetes mellitus, insulin resistance, type 2 diabetes, celiac disease, peripheral and central adiposity, obesity, necrotizing enterocolitis, inflammatory bowel disease, such as Crohns disease and ulcerative colitis, and functional gastrointestinal disorders such as IBS, functional diarrhea, functional constipation, recurrent abdominal pain, and dyspepsia.Linvention concerne Lactobacillus reuteri pour une utilisation dans la prévention ou le traitement de dysbioses microbiote, en particulier, des niveaux réduits de Actinobacteria et des niveaux accrus de Protéobactéries, chez de jeunes mammifères et dans la prévention ou le traitement de troubles associés à celui-ci. La dysbiose du microbiote peut avoir été causée par de nombreux facteurs comprenant un accouchement par césarienne, une exposition à des antibiotiques in utero ou après la naissance ou, une alimentation parentérale, une hospitalisation, un stress psychologique ou par des dysfonctionnements gastro-intestinaux. Les troubles qui peuvent être traités ou prévenus par la prévention ou le traitement de dysbiose du microbiote comprennent la propension à une infection, une allergie, le diabète sucré de type I, dinsulinorésistance, le diabète de type 2, une maladie cœliaque, ladiposité périphérique et central, lobésité, lentérocolite nécrosant
