浙江大学冯杰团队开发小鼠多组学数据库

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关键词：

来源：

Nucleic Acids Research 

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//agri.nais.net.cn/topic/downloadFile/e92f9ef8-a306-4a3b-8907-e608ca23c7c3

来源地址：

https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1031

资源所属：

农业生物技术专题

类型：

学术文献

语种：

英语

原文发布日期：

2025-10-21

摘要：

2025年10月21日，来自浙江大学的冯杰教授团队通过整合小鼠多组学数据集在Nucleic Acids Research杂志上发表文章MouseOmics: a multi-omics database for mouse biologicalstudy。研究团队通过整合分布在Mus属五个物种中的21个基因组、584个组织样本中的转录组、285个组织样本的蛋白质组、143个组织样本里的代谢组、296个组织样本内的金属组以及覆盖52个小鼠近交品系的三个变异组，建立了一个小鼠多组学数据库MouseOmics。所有鼠标多组学数据都可以通过具有用户友好web界面的多个功能模块进行探索。数据库嵌入了几个有用的工具，如MISAweb，用于鉴定微卫星DNA，并专门为小鼠开发了InterPro、Gene Ontology和Pathway的富集分析模块。（https://www.varnatech.cn/MouseOmics）此数据库采用HTML、CSS以及LAMP（Linux、Apache、MySQL、PHP/Perl）系统，结合JavaScript这一高级解释型多范式编程语言，构建了数据库系统。MouseOmics集成了一系列功能模块及本地化的用户友好型第三方软件，支持对多种小鼠的多组学数据进行探索与可视化分析。在统计方面，通过R语言模块识别不同组织间差异表达的基因，并进行功能富集分析。D3.js作为一个基于Web标准的JavaScript库，可用于通过SVG、Canvas和HTML实现基因组数据的可视化，并为基因组信息设计合适的可视化界面。MouseOmics利用D3库展示任意两个小鼠基因组之间的同源区域视图。此外，研究采用多个R包（如DESeq2、pheatmap、ggplot2和aggregate）展示转录组和蛋白质组的表达谱，以及比较不同组织间代谢物与离子浓度的差异。为处理SAM、BAM文件及提取小鼠群体遗传变异，团队应用了SAMtools v0.1.16和BCFtools v1.20软件包，分别用于处理VCF和BCF格式文件。最后，通过Apache WWWBLAST和JBrowse2在基因组浏览器中实现了小鼠多组学数据的交互式可视化，便于用户查看直系同源基因及基因组组成信息。MouseOmics数据库是首个整合六种小鼠组学类型（基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、金属组和变异组）的综合性数据库，为小鼠多组学研究提供了宝贵的资源。数据库通过整合多组学数据，促进了科学发现，特别是在理解金属元素在小鼠生命周期中的角色和金属组与其他组学领域的相互作用方面。数据库通过定期更新，保持数据的时效性和准确性，为研究人员提供最新的多组学数据。MouseOmics数据库的构建不仅填补了现有数据库在多组学数据整合方面的空白，还为研究人员提供了一个强大的工具，用于探索和理解小鼠的多组学数据，具有重要的科学价值和应用前景。