新加坡基因组研究所等开发皮肤宏转录组学工作流程

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关键词：

来源：

Nature Biotechnology

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//agri.nais.net.cn/topic/downloadFile/cc0dfd4e-ffe4-4e40-9d5e-a37b2a272870

来源地址：

https://www.nature.com/articles/s41587-025-02797-4

资源所属：

农业生物技术专题

类型：

学术文献

语种：

英语

原文发布日期：

2025-08-28

摘要：

2025年8月28日，来自新加坡基因组研究所（GIS）等机构的Minghao Chia、Niranjan Nagarajan等研究团队在《Nature Biotechnology》上发表题为《Skin metatranscriptomics reveals a landscape of variation in microbial activity and gene expression across the human body》的研究论文。该研究开发了一种稳健、临床可行的皮肤宏转录组学工作流程，克服了皮肤微生物组研究中低生物量、宿主细胞污染和RNA稳定性差等挑战，实现了高重复性的微生物mRNA富集和均匀的基因覆盖。通过对27名健康成年人5个皮肤部位进行配对宏基因组和宏转录组分析，研究发现转录组与基因组丰度存在显著差异，尤其是葡萄球菌属（Staphylococcus）和马拉色菌属（Malassezia）在大多数部位的宏转录组中贡献远超其在宏基因组中的比例。物种水平分析揭示了微生物对生态位的适应性特征，基因水平分析则识别出皮肤共生菌原位转录的多种抗菌基因，包括多个未表征的细菌素。通过关联微生物基因表达与物种丰度，研究发现了20多个可能介导微生物间相互作用的基因，并鉴定出一种马拉色菌分泌蛋白与痤疮丙酸杆菌（C. acnes）呈负相关。该工作凸显了皮肤宏转录组学在识别活性物种和原位微生物功能方面的重要性，为理解皮肤微生物组的生态和功能提供了新视角。