哥伦比亚大学提出转录基础模型有助深入理解基因调控机制

关键词：

来源：

Nature

来源地址：

https://doi.org/10.1038/s41586-024-08391-z

资源所属：

农业生物技术专题

类型：

学术文献

语种：

英语

原文发布日期：

2025-01-08

摘要：

2025年1月8日，哥伦比亚大学Raul Rabadan、傅熙，卡内基美隆大学Eric P. Xing和清华大学的研究人员合作在Nature发表题为“A foundation model of transcription across human cell types”研究论文，文章介绍了一个名为GET（general expression transformer）的可解释基础模型，旨在揭示人类213种胎儿和成体细胞类型中的调控语法。GET仅依赖于染色质可及性数据和序列信息，就能以实验级别的准确性预测基因表达，即使在之前未见过的细胞类型中也能做到。GET在新的测序平台和实验方法上表现出色，能够跨广泛的细胞类型和条件进行调控推断，并揭示了普遍和细胞类型特异性的转录因子相互作用网络。在胎儿红细胞中，GET识别出了之前模型遗漏的远距离（超过1Mbp）调控区域，而在B细胞中，它识别出了一种淋巴细胞特异性的转录因子-转录因子相互作用，解释了一个导致白血病风险增加的生殖系突变的功能意义。总的来说，GET提供了一个具有泛化性和准确性的转录模型，以及具有细胞类型特异性的基因调控和转录因子相互作用的目录。