苏黎世联邦理工学院开发新方法评估微生物组动态

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关键词：

来源：

Ad植物微生物

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资源所属：

农业生物技术专题

类型：

前沿资讯

语种：

中文

原文发布日期：

2024-04-01

摘要：

近日，瑞士苏黎世联邦理工学院微生物研究所 Vorholt 实验室（近两年在Science等顶刊发表一系列论文）苏黎世联邦理工学院Julia Vorholt院士团队在叶际微生物组领域取得重大进展）、Hardt 实验室和 Sunagawa 实验室联合开发了一种新型基因组条形码系统：WISH-tags。成果发表在Nature Microbiology，论文题为“Assessing microbiome population dynamics using wild-type isogenic standardized hybrid (WISH)-tags”。微生物经常组合成结构化的微生物组，在植物和动物宿主中发挥关键作用。然而，观察到的微生物组组成可能会掩盖多种多样的潜在种群动态，这就需要在菌株内水平上进行解析。在最近这项关于 NCCR 微生物组的合作研究中，来自 Vorholt、Hardt 和 Sunagawa 实验室的研究人员开发了一种新型基因组条形码系统，称为野生型同源标准化杂交（WISH）标签。这些标签可以利用 qPCR 或下一代测序技术对微生物种群进行量化和追踪。研究人员将 WISH 标签引入了小鼠和植物微生物群中的模式和非模式细菌。他们以两种细菌菌株为重点，研究了小鼠肠道和拟南芥叶际中菌株内部的优先效应。奇怪的是，两种宿主的结果却不同。在肠道中，晚到的菌株无法建立新的种群，而在叶际中，即使已有种群存在，晚到的菌株仍能茁壮成长。研究人员通过他们的概念验证应用表明，WISH-tags 是一种宝贵的资源，可用于破译微生物组在不同生物系统中组装的种群动态。了解这些动态有助于设计更稳定的合成微生物群，从而减少疾病，提高一系列宿主物种的适应性。