美国加州大学开发整合连锁不平衡评分新选择扫描统计方法

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关键词：

来源：

Nature

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来源地址：

https://www.nature.com/articles/s41586-025-09798-y

资源所属：

农业生物技术专题

类型：

学术文献

语种：

英语

原文发布日期：

2025-12-17

摘要：

2025年12月17日，来自美国加州大学洛杉矶分校生态与进化生物学系及人类遗传学系的Richard Wolff与Nandita R. Garud研究团队在《Nature》杂志上发表题为《Gene-specific selective sweeps are pervasive across human gut microbiomes》的研究论文。该研究开发了一种名为整合连锁不平衡评分的新选择扫描统计方法，用于检测通过迁移和水平基因转移在宿主微生物组间传播的适应性等位基因。该方法通过利用有益变异携带的有害变异“搭便车”信号来识别选择性扫描。研究团队将该统计方法应用于来自全球24个人类群体中约30种最常见的共生肠道物种，发现了超过300个跨物种的选择性扫描。结果显示，选择性扫描在碳水化合物代谢相关基因位点显著富集，表明微生物正适应宿主饮食；且工业化人群与非工业化人群之间的选择目标存在显著差异，其中在参与麦芽糊精代谢的基因位点发现的选择性扫描与工业化饮食中广泛使用的合成淀粉成分相关。研究表明，菌株间的重组推动了人类肠道共生细菌中普遍的适应性进化，宿主饮食和生活方式是关键的選擇压力。此外，研究还证实了基因特异性选择性扫描通过水平基因转移在宿主间广泛传播，强调了重组在肠道微生物适应性演化中的核心作用。