中科院等开发具确定细菌毒力因子等功能扩展数据库和分析工具包

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关键词：

来源：

Nature Communications 

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//agri.nais.net.cn/topic/downloadFile/78e28754-1b48-4776-9045-5a7b65cdb2a9

来源地址：

https://doi.org/10.1038/s41467-024-51864-y

资源所属：

农业生物技术专题

类型：

学术文献

语种：

英语

原文发布日期：

2024-09-15

摘要：

2024年9月15日，中国科学院朱宝利，北京协和医院赵维纲，北京微生物学和流行病学研究所杨瑞馥共同通讯在Nature Communications 在线发表题为“An expanded database and analytical toolkit for identifying bacterial virulence factors and their associations with chronic diseases”的研究论文，该研究利用物种特异性平均核苷酸同源性建立了一个扩展的VFG数据库(VFDB 2.0)，包含62,332个VFG的非冗余同源物和等位基因。进一步开发了MetaVF工具包，以促进在物种水平上精确鉴定病原体携带的VFG。从健康个体中分离的5452株共生菌株的VFG特征表明，301个物种中只有11个具有这些因子。对九种慢性疾病肠道微生物组内VFG的进一步分析揭示了常见和疾病特异性VFG特征。值得注意的是，在2型糖尿病患者中，长期HiFi测序证实，大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的病原菌菌株携带了共同的VF特征。这些发现强调了鉴定和理解VFG在微生物组相关疾病中的重要性。