基于16S rRNA测序分析PRRSV感染仔猪肺和肠道中微生物菌群的变化

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来源：

中国知网

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来源地址：

https://kns.cnki.net/kcms2/article/abstract?v=3uoqIhG8C45S0n9fL2suRadTyEVl2pW9UrhTDCdPD67IrUXaHhCvzsFOP6d-vAh7cuGs57L8r5MzxtRFeG9ZXm0MnfGcdkhn&uniplatform=NZKPT

资源所属：

动物营养专题

类型：

学术文献

语种：

中文

原文发布日期：

2023-02-14

摘要：

本试验旨在探究猪繁殖与呼吸综合征病毒感染对仔猪肺、肠道中的菌群影响以及肺和肠道的组织学变化。试验选取35日龄断奶健康仔猪14头，适应性饲养8d，随机分为感染组(n=7)和对照组(n=7)，感染组仔猪接种2mL 1×105 TCID50·mL-1 PRRSV-JTS毒株病毒液，对照组仔猪接种2 mL DMEM培养基。感染组三头仔猪分别于10、12和19 d死亡，将存活的感染组与对照组仔猪于21d后处死，并取肺、不同肠段组织样品以及肠道内容物。采用免疫组化染色和HE染色观察肺和肠道组织病理学变化，并基于16S rRNA基因的高通量测序分析仔猪肺和各肠段菌群结构。结果表明，感染组仔猪肺部和肠道均有病毒分布；与对照组仔猪相比，感染组仔猪肺部和肠道都存在明显的炎症反应。微生物组成结构及多样性分析显示，感染组仔猪Chao1、ACE指数在肺中上升，在仔猪各肠段中下降，Shannon、Simpon指数在肺中升高，在大多数肠道中下降。门水平上，感染仔猪肠道变形菌门等有害微生物比例增加，而厚壁菌门等有益微生物比例下降；科水平上，感染组肺、空肠中巴斯德菌科，十二指肠乳杆菌科、回肠肠杆菌科、盲肠、结肠、直肠中的瘤胃菌科相对比例有明显的下降，假单胞菌科在肺和十二指肠中的比例明显上升；属水平上，感染组有益菌属乳酸菌属水平显著下降，β多样性证明小肠与大肠聚类效果具有一致性。通过PICRUSt功能分析显示差异基因富集在D-丙氨酸代谢、MAPK信号通路、DNA修复及重组蛋白等信号通路。综上可见PRRSV致仔猪肺部病变和肠道炎症，影响肺部和肠道菌群组成、丰度和功能。