中国药科大学研究更新数据库DRAMP 4.0专门用于抗菌肽的临床转化

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关键词：

来源：

Nucleic Acids Research

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//agri.nais.net.cn/topic/downloadFile/35c771ee-f4e3-404a-a874-f57699812cd4

来源地址：

https://doi.org/10.1093/nar/gkae1046

资源所属：

农业生物技术专题

类型：

学术文献

语种：

英语

原文发布日期：

2024-11-11

摘要：

2024年11月11日，中国药科大学郑珩及劳兴珍共同通讯在Nucleic Acids Research （IF=16.6）在线发表题为“DRAMP 4.0: an open-access data repository dedicated to the clinical translation of antimicrobial peptides”的研究论文，该研究在抗菌肽数据库（DRAMP）的更新中，增加了对血清和蛋白酶稳定性的新注释，并更新抗菌肽的溶血/细胞毒性信息。DRAMP 4.0目前拥有30 260个条目（新增8 001个），包括11 612个一般条目、17 886个专利条目、96个临床条目、377个特定条目、110个稳定性数据条目和179个扩展条目。2891个条目包含实验确定的溶血活性信息，2674个条目包含实验验证的细胞毒性数据。该更新还包括新的注释、统计、类别、函数和下载链接。DRAMP可在线访问http://dramp.cpu-bioinfor.org/。耐多药细菌被广泛称为超级细菌，严重威胁着公众健康。使问题更加复杂的是，抗菌素研究和开发管道缺乏结构多样性。抗菌肽具有广谱抗菌活性和多种作用机制，且相对难以诱导耐药，被认为是治疗多重耐药细菌感染的潜在候选者。近年来，高通量测序和宏基因组学，特别是微生物组学的突破，为抗菌药物提供了大量资源。人工智能（AI）和肽合成技术的进步也极大地刺激了AMPs的设计和发现。为了有效地利用AMPs信息的快速增长，在定期更新的数据库中收集和存储数据至关重要。抗菌肽数据库APD于2008年发布，主要收集天然来源的抗菌肽，现已更新为APD3。DBAASP目前是3.0版本，包含21,957个单体，382个多聚体和236个多肽。CAMPR4包含24243个AMPs序列，933个结构和2143个专利AMPs。dbAMP2.0包含26447个抗菌蛋白和2262个抗菌蛋白。研究构建了手动标注的数据库DRAMP，该数据库于2016年发布，最初包含17 349个AMPs。经过定期更新，最新版本的DRAMP3.0包含22 259个条目。尽管越来越多的人关注并发现了数千种AMPs，但它们中很少有进展到临床试验阶段。在临床分组中，目前只有96例AMPs被报道参与了临床试验。其临床转化的主要障碍包括显著的宿主毒性、体内稳定性差、血清存在时活性降低和生产成本高。天然AMPs很容易被酶水解或降解，导致半衰期短，体内清除迅速。AMPs的这些固有缺点为肽药物开发带来了挑战，也为其设计和优化带来了机遇。目前，大多数AMP数据库，如DBAASP、CAMP、LAMP、APD、dbAMP，以及之前的版本DRAMP3.0都加入了溶血/细胞毒性注释，但都没有系统地收集AMP的半衰期数据。PEPLife数据库致力于收集肽半衰期信息，但自2016年以来一直没有更新，目前无法访问。研究在DRAMP4.0中增加了血清稳定性或半衰期的新注释。与之前的版本相比，DRAMP 4.0增加了8000多个条目。具体来说，已经添加了110种具有实验确定的稳定性信息的抗菌肽（AMPs）。在序列修改、分类和细胞毒性/溶血注释方面也进行了系统的更新。此外，研究鼓励用户在提交页面上分享他们在AMPs方面的专业知识，参考已发表的参考文献和可信的临床试验。按照《Scientific Data Journal》要求的公开共享协议，研究将原始代码上传到GitHub，肽数据上传到Figshare，并以CC许可方式免费下载和共享。所有数据都可以从下载页面下载，包括完整的数据表或按不同子集分类的表。