基于小样本的RNA甲基化测序数据高分辨率差异分析方法研究

基金项目类型：

国家自然科学基金

基金项目编号：

61401370

来源网站：

国家自然科学基金委员会

来源网址：

http://www.nsfc.gov.cn/

负责人：

孟佳

完成单位：

西交利物浦大学

中文关键词：

生物信息处理; RNA甲基化; 过度散布; 差异分析; 二代测序;

项目类型：

青年科学基金项目

语种：

中文

开始日期：

2015-01-01

结束日期：

2017-12-31

中文摘要：

近来，RNA甲基化被发现参与生物钟和RNA分解等重要的生化功能。由于RNA分子稳定性差、基因亚型和RNA差异表达等原因，现有的工具并无法有效满足新出现的RNA甲基化测序（MeRIP-Seq）数据差异分析的需求。..本项目将构建一套针对MeRIP-Seq数据差异分析的软件平台：其核心是基于小样本（或者过度散布）的RNA甲基化差异分析的统计模型。关键的研究内容同时涵盖：局部异常的去除、基于隐马尔可夫模型的高分辨率差异分析、甲基化位点的可视化、多种组学数据与RNA甲基化数据的融合，组学数据的算法优化，并行计算和开源跨平台软件实现等方面。..所开发的软件和方法将会直接应用于乳腺癌MeRIP-Seq数据中以研究癌症中RNA甲基化异常现象。前期研究发现软件预测结果与实验条件高度吻合；并且抗癌症通路P53在乳腺癌细胞中显著的富集有RNA差异甲基化基因，表明RNA甲基化与癌症机理的联系和其未来在癌症治疗中