基于MapReduce的非编码RNA“从头预测”识别方法研究

基金项目类型：

国家自然科学基金

基金项目编号：

61370010

来源网站：

国家自然科学基金委员会

来源网址：

http://www.nsfc.gov.cn/

负责人：

邹权

完成单位：

天津大学

中文关键词：

非编码RNA; 从头预测; 集成分类; MapReduce; microRNA;

项目类型：

面上项目

语种：

中文

开始日期：

2014-01-01

结束日期：

2017-12-31

中文摘要：

非编码RNA识别是理解基因组信息的重要工作之一。但目前的研究还存在识别不准确、软件通用性差以及无法处理大规模数据的缺点。在前期的青年基金研究工作中，我们提出了优化反例训练样本和利用投票机制提高识别准确率。本项目是前期工作的继续。面对规模日益增大的测序数据，本项目利用MapReduce并行计算框架，快速准确地实现非编码RNA的识别和标注。. 本项目的主要工作包括：1. 使用“局部-全局”比对算法提高同源搜索的敏感性，并用MapReduce框架降低时间开销；2. 利用MapReduce和集成投票策略提高大规模不平衡数据的分类效果；3.针对不同种类的非编码RNA研究并开发跨平台、并行的非编码RNA标注系统。. 本项目是青年基金项目的延伸，将使青年基金的研究成果在大规模测序数据中得到应用。本项研究对开拓生物信息学方法、开发实用的计算生物学系统和研究非编码RNA分子功能都具有重要意义。