本发明公开一种靶向新型冠状病毒棘突的基因、试剂盒、筛选方法及应用,涉及基因工程技术领域。用于靶向新型冠状病毒SARS‑CoV‑2棘突的基因的RNA序列为SEQ ID NO:6。对抗SARS‑CoV‑2感染的特异性治疗试剂盒包含所述的基因。本发明分筛选出降解S效率最高的crRNA序列,从而达到有效降低细胞内病毒载量的目的。本发明巧妙地结合生物信息学模拟与生物学实验,针对性设计的CRISPR‑Cas13a系统能特异性识别并降解人肺泡上皮细胞内的S RNA。本发明所设计的crRNA有望在对抗SARS‑CoV‑2感染的特异性治疗工具及药物的开发中得到应用。