A method of determining the therapeutic effect of an agent, such as a metabolite, comprising: (a) exposing a pathological microbiome to the agent； and (b) comparing the signature of the pathological microbiome following the exposing with a reference signature of a healthy microbiome, wherein when the signature of the microbiome is statistically significantly similar to the healthy microbiome reference signature, it is indicative that the agent has a therapeutic effect on the microbiome. The agent may be provided to a subject having a pathological microbiome once it has been classified as therapeutic.Procédé de détermination de l'effet thérapeutique d'un agent, tel qu'un métabolite, comprenant les étapes consistant à : (a) exposer un microbiome pathologique à l'agent； et (b) comparer la signature du microbiome pathologique à la suite de l'exposition avec une signature de référence d'un microbiome sain； lorsque la signature du microbiome est statistiquement considérablement similaire à la signature de référence de microbiome sain, cela indique que l'agent a un effet thérapeutique sur le microbiome. L'agent peut être fourni à un sujet ayant un microbiome pathologique une fois qu'il a été classé comme agent thérapeutique.
